เจดีย์นานกิงเคยเป็นส่วนหนึ่งของ "วัดต้าเป้าเอิน" (Great Bao'en Temple: 大报恩寺) หรือ "วัดแห่งการทดแทนคุณ" (Great Temple of Repaying Kindness) ตามหลักฐานบันทึกไว้ว่าเจดีย์มี 9 ชั้น ความสูงประมาณ 260 ฟุต เดิมเจดีย์มีเพียง 3 ชั้น แต่จักรพรรดิหย่งเล่อรับสั่งให้สร้างเพิ่มเข้าไปอีก 6 ชั้น เพื่อระลึกถึงพระคุณบิดามารดา
โครงสร้างองค์เจดีย์ก่อด้วยอิฐและประดับด้วยกระเบื้องเคลือบดูสวยงาม ชายคาแขวนกระดิ่ง 80 ลูก ร่วมกับโคมไฟประดับ น่าเสียดายที่ในสมัยกบฏไท่ผิงองค์เจดีย์ถูกเผาทำลายจนสภาพทรุดโทรมลงไปมาก สมบัติล้ำค่าภายในถูกขโมยจนหมดเกลี้ยง แต่ยังพอมีชิ้นส่วนบางชิ้นของเจดีย์ที่หลงเหลือซึ่งถูกนำไปแสดงอยู่ในพิพิธภัณฑ์เมืองนานกิง
องค์เจดีย์ตั้งตระหง่านผ่านร้อน ฝน ลม หนาวจนสภาพทรุดโทรมลงไปตามกาลเวลา ความงดงามแบบดั้งเดิมขององค์เจดีย์จึงหาชมได้จากภาพเขียนของยอดจิตรกรที่ถ่ายทอดผ่านลงในผลงานซึ่งมีให้เห็นเพียงไม่กี่ภาพเท่านั้น
ในปี 2010 นักธุรกิจชาวจีนนาม "หวัง เจี้ยนหลิน" (Wang Jianlin: 王健林) ได้บริจาคเงินจำนวน 1,000,000,000 หยวน (ราว 156 ล้านดอลลาร์สหรัฐ) เพื่อให้ทางการเมืองนานกิงนำไปสร้างเจดีย์และสวนสาธารณะขึ้นมาใหม่โดยเปิดให้ประชาชนเข้าชมในเดือนธันวาคมปี 2015
